Er wordt gezegd dat president Harry Truman in 1947 opdracht gaf aan een geheime commissie om het Roswell-incident te onderzoeken. Deze commissie bestond uit 12 personen, waaronder wereldberoemde wetenschappers, generaals en politici. De groep kwam tot de conclusie dat bij het incident echt een buitenaards ruimteschip betrokken was dat een noodlanding maakte en al zijn inzittenden doodde, meestal tussen de drie en vier.
De Majestic 12, of kortweg MJ-12, stelde een uitvoerend bevel voor om een militaire faciliteit op te richten met als doel het buitenaardse en hun ruimteschip te bevatten en te bestuderen, waardoor Area 51 ontstond.
Tal van afbeeldingen van overheidscorrespondentie die rechtstreeks verband houden met deze organisatie circuleren op internet, waaronder de beroemde brief uit 1947 van president Truman, waarin de CIA wordt gemachtigd om M-12 te creëren. De brief is volgens twijfelaars volledig verzonnen.
Deze theorie wordt voornamelijk ondersteund door dergelijke documentatie, die allemaal, beginnend in 1978, misschien verzonnen is of misschien zelfs helemaal niet bestaat. Een fragment:
"Het officiële beleid en de resultaten van de Amerikaanse regering van Project Aquarius zijn [sic] nog steeds geclassificeerd als TOP SECRET zonder verspreiding buiten kanalen en met toegang beperkt tot 'MJ TWELVE'."
Het meest overtuigende bewijs, dat zelfs door veel sceptici als authentiek wordt beschouwd, is echter een document dat momenteel is ondergebracht in het Nationaal Archief in Washington, DC. Het document was een memo van 14 juli 1954 van Robert Cutler, speciaal assistent van president Eisenhower, gericht aan generaal Nathan Twining. Het leest:
“Memorandum voor generaal Twining. Onderwerp: NSC/MJ-12 Special Studies Project. De president heeft besloten dat de MJ-12 SSP”
MJ-12 heeft het tot een populaire sci-fi-cultuur gemaakt, waaronder: "De X bestanden," en wordt meestal voorgesteld als een rondetafelgesprek van twaalf experts over wat te doen met betrekking tot het bewijs van het bestaan van buitenaardse wezens, vooral hoe het publiek in het ongewisse te laten.
Mensen die ervan worden beschuldigd lid te zijn geweest van MJ-12, op een of ander moment, zijn onder meer Albert Einstein, Robert Oppenheimer, Robert Cutler, Ommond Solandt, Robert Sarbacher, John von Neumann (rechtstreeks betrokken bij het Philadelphia Experiment), Karl Compton, generaal Nathan Twining en Eric Walker.
