Si dice che nel 1947 il presidente Harry Truman diede l'ordine a un comitato segreto di indagare sull'incidente di Roswell. Questo comitato era composto da 12 persone, inclusi scienziati, generali e politici di fama mondiale. Il gruppo è giunto alla conclusione che l'incidente ha davvero coinvolto un'astronave extraterrestre che si è schiantata e ha ucciso tutti i suoi occupanti, in genere numerati tra tre e quattro.
Il Majestic 12, o MJ-12 in breve, propose un ordine esecutivo per stabilire una struttura militare esclusivamente allo scopo di contenere e studiare gli extraterrestri e la loro astronave, risultando così Area 51.
Su Internet circolano molte immagini della corrispondenza governativa relativa direttamente a questa organizzazione, inclusa la famosa lettera del 1947 del presidente Truman, che autorizzava la CIA a creare l'M-12. La lettera, secondo i dubbiosi, è interamente inventata.
Questa teoria è prevalentemente supportata da tale documentazione, che, a partire dal 1978, potrebbe essere fabbricata o addirittura non esistere affatto. Un estratto:
"La politica ufficiale del governo degli Stati Uniti e i risultati del Progetto Aquarius sono [sic] ancora classificati TOP SECRET senza alcuna diffusione al di fuori dei canali e con accesso limitato a 'MJ TWELVE'."
La prova più convincente, tuttavia, ritenuta autentica anche da molti scettici, è un documento attualmente conservato nei National Archives di Washington, DC. Il documento era un promemoria del 14 luglio 1954 di Robert Cutler, assistente speciale del presidente Eisenhower, indirizzato al generale Nathan Twining. Legge:
“Memorandum per General Twining. Oggetto: Progetto di studi speciali NSC/MJ-12. Il Presidente ha deciso che l'MJ-12 SSP”
MJ-12 è entrato nella popolare cultura fantascientifica, tra cui "Gli X-Files", ed è solitamente immaginato come una tavola rotonda di dodici esperti su cosa fare riguardo alla prova dell'esistenza di extraterrestri, principalmente su come tenere il pubblico all'oscuro.
Le persone accusate di essere membri di MJ-12, prima o poi, includono Albert Einstein, Robert Oppenheimer, Robert Cutler, Omond Solandt, Robert Sarbacher, John von Neumann (direttamente coinvolto nel Philadelphia Experiment), Karl Compton, il generale Nathan Twining , ed Eric Walker.