Atlit-Yam sembra essere un insediamento in una fase, che rappresenta un breve periodo di occupazione prima dell'invasione del mare che portò all'abbandono di Atlit-Yam intorno al 6300 a.C.
Al largo della costa del villaggio di Atlit si trova Atlit Yam, un insediamento neolitico sommerso situato al largo della costa di Atlit nell'attuale Israele.
Il sito, datato tra il 6900 e il 6300 aC, si trova a circa 10 metri sotto l'attuale livello del mare e si estende su una superficie di 40,000 mq.
L'inclinazione tettonica e i cambiamenti climatici hanno causato il prosciugamento delle paludi lungo la pianura costiera israeliana all'inizio dell'Olocene. La terra bonificata lungo la costa in ritirata fu colonizzata dai popoli neolitici durante il neolitico pre-ceramico (PPNB) e successivamente il neolitico della ceramica, fino a quando un innalzamento eusstatico del livello del mare oceanico sommerse gli antichi insediamenti a una profondità di 8-12 metri sotto la superficie .
Gli scienziati ritengono che Atlit-Yam sia stato abbandonato bruscamente a causa di uno tsunami che ha colpito la regione, molto probabilmente causato da un'eruzione vulcanica nell'area mediterranea.
Gli archeologi erano particolarmente interessati alla scoperta di due scheletri, uno di una donna e uno di un bambino, che hanno rivelato i primi casi conosciuti di tubercolosi.