Sanotaan, että vuonna 1947 presidentti Harry Truman antoi käskyn salaiselle komitealle tutkimaan Roswellin tapausta. Tämä komitea koostui 12 henkilöstä, mukaan lukien maailmankuulut tiedemiehet, kenraalit ja poliitikot. Ryhmä tuli siihen johtopäätökseen, että tapahtumaan todella liittyi maan ulkopuolinen avaruusalus, joka syöksyi maahan ja tappoi kaikki siinä olleet, tyypillisesti kolmesta neljään.
Majestic 12 tai lyhennettynä MJ-12 ehdotti toimeenpanomääräystä sotilaallisen laitoksen perustamiseksi pelkästään maan ulkopuolisten ja heidän avaruusalustensa säilyttämistä ja tutkimista varten, jolloin tuloksena oli Area 51.
Internetissä kiertää runsaasti kuvia hallituksen kirjeenvaihdosta, jotka liittyvät suoraan tähän organisaatioon, mukaan lukien presidentti Trumanin kuuluisa 1947 kirje, jossa CIA valtuutettiin luomaan M-12. Kirje on epäilijöiden mukaan täysin väärennetty.
Tätä teoriaa tukee pääosin tällainen dokumentaatio, joka kaikki vuodesta 1978 alkaen saattaa olla väärennetty tai ei ehkä ole ollenkaan olemassa. Yksi ote:
"Yhdysvaltain hallituksen virallinen politiikka ja Project Aquarius -projektin tulokset [sic] ovat edelleen TOP SECRET-luokiteltuja, eikä niitä levitetä kanavien ulkopuolelle ja pääsy on rajoitettu 'MJ TWELVE':lle."
Vakuuttavin todiste, jonka jopa monet skeptikot pitävät aitoina, on asiakirja, joka on tällä hetkellä Washingtonin kansallisarkistossa. Asiakirja oli 14. heinäkuuta 1954, presidentti Eisenhowerin erityisavustajan Robert Cutlerin muistio. kenraali Nathan Twiningille. Siinä luki:
"Muistio General Twiningille. Aihe: NSC/MJ-12 Special Studies Project. Presidentti on päättänyt, että MJ-12 SSP
MJ-12 on tehnyt sen suosituksi sci-fi-kulttuuriksi, mukaan lukien "X-tiedostot" ja se kuvitellaan yleensä kahdentoista asiantuntijan pyöreän pöydän keskusteluna siitä, mitä tehdä maan ulkopuolisten olijoiden olemassaolon todistamiselle, ennen kaikkea kuinka pitää yleisö pimeässä.
Henkilöitä, joita syytetään MJ-12:n jäsenyydestä silloin tällöin, ovat Albert Einstein, Robert Oppenheimer, Robert Cutler, Omond Solandt, Robert Sarbacher, John von Neumann (suoraan mukana Philadelphia-kokeessa), Karl Compton, kenraali Nathan Twining ja Eric Walker.
