ماچوپیچو در ابتدا به عنوان یک قصر در املاک امپراتور اینکا پاچاکوتی بین سال های 1420 و 1532 پس از میلاد کار می کرد. قبل از این مطالعه، اطلاعات کمی در مورد افرادی که در آنجا زندگی می کردند و می مردند، از کجا آمده بودند یا اینکه چگونه با ساکنان پایتخت اینکاها در کوسکو ارتباط داشتند، شناخته شده بود.