Atlit-Yam parece ser um assentamento de uma fase, representando um curto período de ocupação antes da invasão do mar que levou ao abandono de Atlit-Yam por volta de 6300 aC.
O local, que data entre 6900 e 6300 aC, fica aproximadamente 10 metros abaixo do nível do mar atual e cobre uma área de 40,000 metros quadrados.
A inclinação tectônica e as mudanças climáticas fizeram com que os pântanos ao longo da planície costeira israelense secassem no início do Holoceno. A terra recuperada ao longo da costa recuada foi colonizada por povos neolíticos durante o Neolítico Pré-Cerâmico (PPNB) e depois Períodos Neolíticos da Olaria, até que um aumento eustático no nível do mar oceânico submergiu os antigos assentamentos a uma profundidade de 8-12 metros abaixo da superfície .
Os cientistas acreditam que Atlit-Yam foi abandonado abruptamente como resultado de um tsunami que atingiu a região, provavelmente causado por uma erupção vulcânica na área do Mediterrâneo.
Os arqueólogos estavam particularmente interessados na descoberta de dois esqueletos, um de uma mulher e outro de uma criança, que revelaram os primeiros casos conhecidos de tuberculose.
