Zdá se, že Atlit-Yam je jednofázové osídlení, které představuje krátké období okupace před proniknutím moře, které vedlo k opuštění Atlit-Yam kolem roku 6300 př.nl.
Místo, které pochází z let 6900 až 6300 před naším letopočtem, je přibližně 10 metrů pod současnou hladinou moře a zaujímá plochu 40,000 XNUMX metrů čtverečních.
Tektonické naklonění a klimatické změny způsobily, že na začátku holocénu vyschly bažiny podél izraelské pobřežní pláně. Rekultivovaná půda podél ustupujícího pobřeží byla osídlena neolitickými národy během období před hrnčířským neolitem (PPNB) a pozdějším obdobím hrnčířského neolitu, dokud eustatický vzestup hladiny oceánů neponořil starověké osady do hloubky 8–12 metrů pod povrch. .
Vědci se domnívají, že Atlit-Yam byl náhle opuštěn v důsledku tsunami, které zasáhlo region, pravděpodobně způsobené sopečnou erupcí v oblasti Středozemního moře.